5 Hệ thống phần mềm xuất/quản lý hóa đơn điện tử đầu vào 2025

Khi không có hệ thống quản lý hóa đơn điện tử chuyên biệt, doanh nghiệp thường:

Nhận hóa đơn thủ công, mỗi nhân viên gửi qua email/Zalo khác nhau, thiếu thống nhất.
Hóa đơn sai mã số thuế, trùng số, không hợp chuẩn… rất khó phát hiện nếu làm tay.
Tìm hóa đơn để tra cứu, đối chiếu hoặc nộp kiểm toán mất thời gian.
Nếu hóa đơn bị bỏ sót, không kê khai đúng kỳ có thể bị xử phạt.
Không có hệ thống phân quyền hoặc phê duyệt, gây thất thoát dữ liệu hoặc quy trình chậm trễ.

Tất cả những rủi ro này có thể được xử lý dễ dàng nếu sử dụng phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào chuyên dụng. Vì vậy, câu hỏi được đặt ra là: “Nên dùng phần mềm hóa đơn điện tử nào để quản lý hóa đơn đầu vào hiệu quả?”. Bài viết này, AccNet sẽ giúp bạn trả lời câu hỏi đó bằng cách phân tích kỹ các giải pháp phổ biến, gợi ý phần mềm xuất hóa đơn điện tử phù hợp với nhu cầu của từng loại hình doanh nghiệp.

1. Phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào là gì? Dành cho ai?

Phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào/phần mềm xuất hóa đơn điện tử là công cụ giúp thu thập, kiểm tra, lưu trữ và phân loại hóa đơn do nhà cung cấp phát hành tự động, hệ thống. Dành cho:

Doanh nghiệp có nhiều nhà cung cấp, hóa đơn phát sinh liên tục.
Bộ phận kế toán, tài chính, kiểm soát nội bộ.
Doanh nghiệp cần tuân thủ quy định của Thông tư 78/2021/TT-BTC, Nghị định 123/2020/NĐ-CP.

Không giống phần mềm hóa đơn đầu ra (dùng để xuất hóa đơn), phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào tập trung vào quản lý hóa đơn từ đối tác, xử lý nội bộ.

2. Phần mềm xuất hóa đơn điện tử đầu vào cần có những tính năng gì?

Khi lựa chọn phần mềm lưu trữ hóa đơn điện tử, hãy ưu tiên những tính năng sau:

Tự động nhận hóa đơn đầu vào: Kết nối email doanh nghiệp để tự động quét, trích xuất hóa đơn PDF/ZIP/XML gửi từ nhà cung cấp.
Kiểm tra tính hợp lệ, phát hiện sai sót: Kiểm tra mã số thuế, ngày phát hành, số hóa đơn, định dạng, tính trùng lặp; So sánh với danh sách NCC đã khai báo thuế.
Lưu trữ hóa đơn điện tử dài hạn (tối thiểu 10 năm): Tuân thủ quy định lưu trữ điện tử, cho phép tra cứu nhanh, tải xuống dễ dàng.
Hỗ trợ phê duyệt nội bộ & phân quyền: Dễ dàng gửi hóa đơn qua các bước duyệt: kế toán → quản lý → giám đốc.
Tích hợp phần mềm kế toán/kho/ERP: Giúp tự động hạch toán công nợ, ghi nhận chi phí, tránh nhập liệu trùng lặp.
Kết xuất báo cáo phục vụ quyết toán thuế: Xuất file Excel/tờ khai nhanh gọn, chính xác, tiết kiệm thời gian cho kế toán.

Nếu bạn đang tìm phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào sở hữu đầy đủ những tính năng trên, phần tiếp theo sẽ giúp bạn lựa chọn đúng giải pháp phù hợp nhất.

3. Top 5 giải pháp phần mềm xuất hóa đơn điện tử uy tín nhất

Dưới đây là 5 hệ thống quản lý hóa đơn điện tử nổi bật, được nhiều doanh nghiệp lựa chọn dựa trên 3 tiêu chí cốt lõi:

Tính năng thực tế & khả năng xử lý hóa đơn đầu vào – đầu ra
Mức độ tích hợp với hệ thống kế toán/ERP
Phù hợp với loại hình doanh nghiệp nào

AccNet eInvoice – Phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào & tích hợp kế toán

Khác biệt của AccNet eInvoice là không chỉ “xuất hóa đơn”, mà còn xử lý thông minh hàng trăm hóa đơn đầu vào mỗi tháng. Đây là phần mềm hiếm hoi thực sự chuyên sâu trong quản lý hóa đơn đầu vào – kiểm tra – phân loại – phê duyệt – tích hợp hạch toán.

Tự động nhận hóa đơn từ email NCC
Kiểm tra hợp lệ: mã số thuế, ngày phát hành, số trùng, hợp chuẩn
Phân quyền phê duyệt hóa đơn theo workflow
Phần mềm xuất hóa đơn điện tử AccNet đồng bộ 100% với phần mềm kế toán AccNet Cloud/ERP

Hệ thống quản lý hóa đơn điện tử AccNet phù hợp với:

Doanh nghiệp vừa và lớn
Doanh nghiệp có quy trình nội bộ chặt chẽ, cần kiểm soát hóa đơn đầu vào tốt

Điểm trừ: Không dành cho DN siêu nhỏ chỉ cần in – ký hóa đơn

ACCNET EINVOICE – XỬ LÝ HÓA ĐƠN NHANH, GỌN, KHÔNG LỖI

Rút ngắn 70% thời gian xuất – gửi – lưu trữ hóa đơn

Giảm thiểu 99% sai sót số liệu nhờ tích hợp trực tiếp với phần mềm kế toán

Tự động cấp số, ký số, gửi mail – không cần làm thủ công

Truy xuất hóa đơn trong 3 giây, kể cả khi cần tra cứu lại năm trước

Đáp ứng 100% chuẩn định dạng, kết nối trực tiếp với Cơ quan Thuế

Doanh nghiệp sử dụng AccNet eInvoice báo cáo: tiết kiệm từ 100–300 triệu đồng/năm so với quy trình hóa đơn truyền thống

👉 Mỗi sai sót trên hóa đơn có thể khiến bạn bị phạt đến hàng chục triệu >>> Chuyển sang AccNet eInvoice – xử lý đúng ngay từ đầu!

Xem chi tiết tính năng AccNet eInvoice

MISA meInvoice – Hệ thống quản lý hóa đơn điện tử dễ dùng cho kế toán nội bộ

Lợi thế lớn nhất của MISA không nằm ở công nghệ, mà ở sự quen thuộc. Với hàng triệu kế toán đang dùng phần mềm kế toán MISA, meInvoice trở thành lựa chọn “không cần học lại”.

Hỗ trợ đầy đủ hóa đơn đầu ra – đầu vào
Tích hợp chặt với MISA SME.NET, AMIS
Có mobile app, lưu trữ hóa đơn online, mẫu hóa đơn đẹp
Được Tổng cục Thuế công nhận, cập nhật định kỳ

Phù hợp với:

Doanh nghiệp nhỏ và vừa
Kế toán không chuyên IT, cần phần mềm dễ thao tác, dễ đào tạo

Điểm trừ của phần mềm xuất hóa đơn điện tử MISA:

Hạn chế nếu cần tích hợp sâu với phần mềm ngoài hệ sinh thái MISA
Một số tính năng nâng cao cần trả phí mở rộng

mua phần mềm quản lý xuất hóa đơn điện tử đầu vào

VNPT Invoice – Phần mềm lưu trữ hóa đơn điện tử cho các tổ chức, cơ quan nhà nước

Sức mạnh của phần mềm xuất hóa đơn điện tử VNPT Invoice nằm ở hệ thống hạ tầng mạnh, bảo mật cao, khả năng triển khai diện rộng. Đây là lựa chọn hàng đầu cho các tập đoàn, tổng công ty hoặc tổ chức hành chính sự nghiệp.

Được Tổng cục Thuế triển khai chính thức từ giai đoạn 1
Có các gói dịch vụ tùy chỉnh theo mô hình doanh nghiệp
Kết nối dễ dàng với hệ thống kế toán truyền thống

Phù hợp với:

Doanh nghiệp lớn, tổ chức công
Đơn vị cần triển khai cho nhiều chi nhánh, tỉnh thành

Điểm trừ của phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào VNPT:

Giao diện, thao tác truyền thống, ít linh hoạt
Tính năng kiểm tra hóa đơn đầu vào chưa mạnh

iHOADON (Thái Sơn) – Phần mềm xuất hóa đơn điện tử cho doanh nghiệp xuất nhập khẩu

Hệ thống quản lý hóa đơn điện tử iHOADON nổi bật trong nhóm phần mềm phục vụ DN logistics, XNK, những đơn vị cần đồng bộ hóa đơn với hệ thống khai báo hải quan.

Tích hợp mạnh với phần mềm khai báo Hải quan ECUS, kê khai thuế
Cho phép kiểm tra nhanh hóa đơn, tra cứu hàng loạt
Dễ sử dụng, thao tác đơn giản, ký số nhanh

Phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào iHOADON phù hợp với:

Doanh nghiệp logistics, vận tải, xuất nhập khẩu
DN cần kết nối hóa đơn với dữ liệu khai báo, thuế

Điểm trừ:

Giao diện chưa hiện đại
Thiếu chức năng xử lý phê duyệt nội bộ phức tạp

CyberBill – Phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào tiết kiệm cho DN nhỏ & hộ kinh doanh

Hệ thống quản lý hóa đơn điện tử CyberBill không cạnh tranh bằng tính năng cao cấp mà bằng tốc độ triển khai, giá rẻ. Đây là lựa chọn hợp lý cho DN mới khởi nghiệp hoặc hộ kinh doanh cần hóa đơn điện tử hợp lệ, dễ dùng, không phức tạp.

Gói cước linh hoạt theo số lượng hóa đơn
Hỗ trợ tạo – ký – lưu – gửi hóa đơn cơ bản
Đáp ứng đủ quy định Thông tư 78

Phần mềm xuất hóa đơn điện tử CyberBill phù hợp với:

Doanh nghiệp siêu nhỏ, khởi nghiệp
Cần hóa đơn đúng chuẩn, chi phí rẻ, ít phát sinh

Điểm trừ của phần mềm lưu trữ hóa đơn điện tử CyberBill:

Không có tính năng quản lý hóa đơn đầu vào nâng cao
Khó tích hợp với hệ thống khác

phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào

4. So sánh các phần mềm xuất hóa đơn điện tử tốt nhất 2025

Tiêu chí	AccNet eInvoice	MISA meInvoice	VNPT Invoice	iHOADON (Thái Sơn)	CyberBill
Hóa đơn đầu ra	Đầy đủ	Đầy đủ	Đầy đủ	Đầy đủ	Đầy đủ
Hóa đơn đầu vào	Chuyên sâu	Cơ bản	Không hỗ trợ	Hạn chế	Không có
Tự động nhận hóa đơn từ email	Tự động, chính xác	Có, thao tác tay	Không hỗ trợ	Có nhưng giới hạn	Không có
Kiểm tra hợp lệ hóa đơn đầu vào	Tự động, thông minh	Có, thủ công	Không có	Có nhưng đơn giản	Không có
Phân quyền & phê duyệt hóa đơn	Có theo luồng	Bản nâng cao	Không có	Không hỗ trợ	Không hỗ trợ
Tích hợp với phần mềm kế toán	AccNet Cloud/ERP	MISA SME/AMIS	Theo yêu cầu	ECUS, khai hải quan	Có giới hạn
Giao diện dễ sử dụng	⭐⭐⭐⭐⭐	⭐⭐⭐⭐	⭐⭐	⭐⭐	⭐⭐⭐⭐
Chi phí triển khai	⭐⭐⭐⭐⭐	⭐⭐⭐	⭐⭐⭐⭐	⭐⭐⭐⭐	⭐⭐⭐⭐
Phù hợp với loại hình doanh nghiệp	DN nhỏ, vừa & lớn	DN nhỏ & vừa	DN lớn, tổ chức nhà nước	DN xuất nhập khẩu	Hộ kinh doanh, startup

5. Nên mua/sử dụng/dùng phần mềm hóa đơn điện tử nào?

Trường hợp doanh nghiệp của bạn	Nên mua/sử dụng/dùng phần mềm
Cần quản lý hóa đơn đầu vào tự động, kiểm tra thông minh	Nên mua phần mềm hóa đơn điện tử AccNet eInvoice
Cần phần mềm xuất hóa đơn điện tử dễ dùng, kế toán nào cũng thao tác được	Nên sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử MISA meInvoice
Cần phần mềm ổn định, bảo mật, hỗ trợ nhiều tỉnh thành	Nên dùng phần mềm hóa đơn điện tử VNPT Invoice
Doanh nghiệp hoạt động xuất nhập khẩu, logistics	Doanh nghiệp nên mua phần mềm hóa đơn điện tử iHOADON (Thái Sơn)
Là hộ kinh doanh hoặc startup, ngân sách giới hạn	Doanh nghiệp nên sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử CyberBill

Tùy vào quy mô, ngành nghề, đặc thù vận hành, mỗi doanh nghiệp sẽ phù hợp với một hệ thống quản lý hóa đơn điện tử khác nhau – không có giải pháp “tốt nhất”, chỉ có giải pháp phù hợp nhất. Nếu bạn cần một phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào chuyên sâu, có thể tự động kiểm tra, phân loại, lưu trữ, kết nối trực tiếp với phần mềm kế toán, thì AccNet eInvoice chính là lựa chọn đáng cân nhắc. Hãy xem xét kỹ nhu cầu thực tế của doanh nghiệp mình, lựa chọn phần mềm xuất hóa đơn điện tử như một “người cộng sự thông minh” trong hành trình số hóa tài chính kế toán.

THÔNG TIN LIÊN HỆ: