Các quy định thuế ngày càng siết chặt, hóa đơn – đặc biệt là hóa đơn đầu vào – trở thành một trong những chứng từ kế toán quan trọng bậc nhất đối với doanh nghiệp. Tuy nhiên, không ít doanh nghiệp vẫn gặp phải tình trạng làm mất hóa đơn đầu vào, dẫn đến nhiều rủi ro pháp lý và thiệt hại về tài chính. Vậy, khi hóa đơn đầu vào bị mất, doanh nghiệp cần xử lý như thế nào để đúng luật, không bị phạt, đảm bảo quyền lợi về thuế? Bài viết dưới đây sẽ giúp bạn nắm rõ bản chất sự việc, những hậu quả có thể gặp phải, hướng xử lý chi tiết – tất cả được tổng hợp dưới góc nhìn của một chuyên gia kế toán doanh nghiệp.
1. Hóa đơn đầu vào bị mất là gì?
Định nghĩa theo quy định mới nhất
Hóa đơn đầu vào bị mất là hiện tượng doanh nghiệp không còn giữ được bản gốc hoặc bản hợp lệ của hóa đơn đầu vào, vốn là căn cứ để hạch toán chi phí, khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT). Theo Thông tư 78/2021/TT-BTC, Nghị định 123/2020/NĐ-CP, hóa đơn đầu vào có thể tồn tại dưới dạng giấy hoặc điện tử, việc “bị mất” bao gồm các trường hợp:
- Mất bản hóa đơn giấy gốc đã nhận từ bên bán;
- Mất bản hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế do lỗi kỹ thuật, không thể tra cứu lại;
- Hóa đơn bị hư hỏng, rách nát, mờ thông tin đến mức không thể sử dụng làm chứng từ kế toán;
- Không thể xuất trình hóa đơn đúng thời điểm kiểm tra quyết toán dù trước đó đã có hóa đơn.
Việc nhận diện đúng bản chất sẽ giúp doanh nghiệp lựa chọn phương án xử lý phù hợp.
Nguyên nhân phổ biến khiến doanh nghiệp làm mất hóa đơn đầu vào
Dưới đây là các nguyên nhân chính thường dẫn đến việc hóa đơn đầu vào bị mất:
- Quy trình lưu trữ thiếu kiểm soát: Thiếu hệ thống số hóa, hóa đơn bị thất lạc khi nhân viên nghỉ việc hoặc thay đổi vị trí công tác.
- Thiên tai, hỏa hoạn: Hóa đơn giấy dễ bị tiêu hủy trong các sự cố bất khả kháng nếu không có bản sao lưu.
- Sai sót khi tiếp nhận hóa đơn: Nhân viên nhận sai email, không lưu trữ đúng quy trình, không đồng bộ lên phần mềm kế toán.
- Lỗi kỹ thuật với hóa đơn điện tử: Hệ thống lưu trữ nội bộ hoặc nền tảng hóa đơn điện tử của nhà cung cấp gặp lỗi, mất dữ liệu.
Các loại hóa đơn đầu vào thường dễ bị mất nhất
- Hóa đơn chi phí dịch vụ: Internet, điện, nước, phần mềm… thường được gửi dưới dạng điện tử qua email cá nhân, dễ thất lạc.
- Hóa đơn từ nhà cung cấp nhỏ lẻ: Các nhà cung cấp nhỏ chưa có quy trình phát hành, lưu trữ hóa đơn chuyên nghiệp.
- Hóa đơn lưu trên USB, file rời: Không được đồng bộ lên hệ thống lưu trữ tập trung nên rủi ro cao khi thiết bị bị mất hoặc lỗi.
Xem thêm:
2. Hướng xử lý khi hóa đơn đầu vào bị mất – Quy trình 5 bước đầy đủ, đúng luật
Việc xử lý hóa đơn đầu vào bị mất không chỉ dừng lại ở việc xin bản sao hay giải trình với cơ quan thuế, mà còn đòi hỏi doanh nghiệp tuân thủ đúng quy trình, quy định pháp luật hiện hành. Dưới đây là 5 bước xử lý tiêu chuẩn, áp dụng cho cả hóa đơn giấy, hóa đơn điện tử:
Bước 1: Thông báo mất hóa đơn tới cơ quan thuế
Ngay khi phát hiện hóa đơn đầu vào bị mất, doanh nghiệp cần nộp thông báo mất hóa đơn theo Mẫu TB01/AC ban hành kèm Thông tư 78/2021/TT-BTC. Thời hạn nộp:
- Trong vòng 5 ngày làm việc kể từ ngày phát hiện mất.
- Nộp qua Cổng thông tin của Tổng cục Thuế hoặc trực tiếp tại Chi cục Thuế quản lý.
Việc thông báo kịp thời sẽ giúp tránh bị xem là cố tình che giấu vi phạm, hạn chế tối đa mức phạt hành chính.
Bước 2: Liên hệ với bên bán để xin bản sao hóa đơn
Căn cứ Nghị định 123/2020/NĐ-CP, nếu là hóa đơn điện tử, doanh nghiệp có thể yêu cầu bên bán phát hành lại bản sao hóa đơn điện tử có mã (ghi rõ là bản sao hóa đơn thay thế cho bản gốc bị mất).
Trong trường hợp hóa đơn giấy, nếu còn bản lưu tại bên bán, hai bên cần lập biên bản xác nhận mất, sao chụp bản lưu hóa đơn.
Lưu ý: Hóa đơn bản sao chỉ có giá trị hợp lệ khi:
- Có đầy đủ chữ ký, đóng dấu.
- Có nội dung trùng khớp với bản gốc đã lập trước đó.
- Được hai bên xác nhận rõ lý do cấp lại.
Bước 3: Làm biên bản xác nhận giữa hai bên
Doanh nghiệp, nhà cung cấp cần lập biên bản xác nhận mất hóa đơn, trong đó nêu rõ:
- Thông tin hóa đơn bị mất (số, ký hiệu, ngày lập…)
- Nguyên nhân mất.
- Cam kết giữa hai bên về tính xác thực của giao dịch.
Biên bản nên được lập bằng văn bản, có chữ ký của người đại diện hợp pháp, đóng dấu hai bên để đảm bảo giá trị pháp lý khi quyết toán thuế.
Bước 4: Lưu trữ thay thế, giải trình khi quyết toán
- Bản sao hóa đơn + biên bản xác nhận mất + thông báo gửi cơ quan thuế = Bộ hồ sơ thay thế cho hóa đơn gốc.
- Hồ sơ này cần được lưu cùng chứng từ kế toán, chứng minh giao dịch (phiếu thu, hợp đồng, bảng kê nhận hàng…), đảm bảo tính logic, minh bạch.
Trong các đợt thanh tra – kiểm toán, đây sẽ là căn cứ quan trọng giúp doanh nghiệp chứng minh chi phí hợp lý, tránh bị loại khỏi quyết toán.
Bước 5: Trích lập dự phòng, ghi nhận kế toán phù hợp (nếu không khôi phục được)
Trong trường hợp bên bán không hợp tác hoặc không thể cấp lại bản sao, doanh nghiệp cần:
- Ghi nhận chi phí không có hóa đơn theo chế độ kế toán nội bộ, nhưng không được tính chi phí hợp lệ khi tính thuế.
- Trích lập dự phòng rủi ro cho khoản chi phí không đủ chứng từ theo hướng dẫn tại Thông tư 200/2014/TT-BTC.
Đọc thêm: Xuất hóa đơn chênh lệch nhỏ có bị xử phạt theo quy định thuế không?
3. Hệ lụy và rủi ro khi doanh nghiệp làm mất hóa đơn đầu vào
Không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
Theo Điều 15 Thông tư 219/2013/TT-BTC, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi có đầy đủ chứng từ hợp lệ, trong đó hóa đơn là điều kiện tiên quyết. Nếu hóa đơn đầu vào bị mất mà không có bản sao hợp lệ thay thế, doanh nghiệp:
- Mất đi khoản thuế GTGT đáng lẽ được khấu trừ.
- Gia tăng chi phí thuế GTGT đầu ra phải nộp.
- Mất lợi thế tài chính trong cơ cấu chi phí.
Ví dụ: Một hóa đơn mua thiết bị trị giá 100 triệu đồng + 10% VAT = 110 triệu đồng. Nếu mất hóa đơn gốc, doanh nghiệp sẽ mất quyền khấu trừ 10 triệu đồng thuế GTGT.
Không được ghi nhận vào chi phí hợp lý khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp
Hóa đơn đầu vào bị mất đồng nghĩa với việc doanh nghiệp không có chứng từ chứng minh chi phí hợp lệ, nên không được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.
Điều này dẫn đến:
- Lợi nhuận tính thuế bị đội lên, gây thiệt hại về tài chính.
- Doanh nghiệp phải nộp thuế TNDN cao hơn thực tế phát sinh chi phí.
Doanh nghiệp có thể bị xử phạt hành chính về thuế
Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, hành vi làm mất, cháy, hỏng hóa đơn sẽ bị xử phạt như sau:
| Mức độ vi phạm | Mức phạt tiền |
| Mất hóa đơn chưa sử dụng | 3 – 5 triệu đồng |
| Mất hóa đơn đã lập, đã giao khách hàng | 5 – 8 triệu đồng (tăng theo số lượng) |
Thêm vào đó, nếu cơ quan thuế nghi ngờ hóa đơn đầu vào bị mất để che giấu hành vi trốn thuế, doanh nghiệp còn có thể bị thanh tra sâu hơn, bị xử lý hình sự nếu có dấu hiệu vi phạm nghiêm trọng.
Đọc thêm: Làm mất chứng từ thuế GTGT đã in theo quy định cũ phải giải quyết ra sao?
4. Một số trường hợp đặc biệt và giải đáp thắc mắc thường gặp
Trong thực tế, doanh nghiệp có thể gặp phải những tình huống phức tạp hơn so với lý thuyết. Dưới đây là những trường hợp thường gặp, hướng xử lý tương ứng:
Hóa đơn điện tử mất trên hệ thống do lỗi kỹ thuật – xử lý ra sao?
Nếu hóa đơn đầu vào bị mất do lỗi của nhà cung cấp phần mềm hóa đơn điện tử, doanh nghiệp cần:
- Yêu cầu nhà cung cấp khôi phục dữ liệu hoặc cấp lại hóa đơn từ hệ thống (nếu được lưu trữ đám mây).
- Lập biên bản mô tả lỗi kỹ thuật, có chữ ký xác nhận của đơn vị cung cấp phần mềm.
- Kèm theo thông báo mất hóa đơn gửi cơ quan thuế.
Nếu phần mềm không có tính năng khôi phục, doanh nghiệp nên cân nhắc chuyển sang giải pháp hóa đơn điện tử có tính năng backup, đồng bộ tự động.
Mất hóa đơn đầu vào từ năm trước – còn được khấu trừ/ghi nhận không?
Căn cứ Khoản 8, Điều 14 Thông tư 219/2013/TT-BTC, doanh nghiệp được phép khấu trừ thuế GTGT đầu vào trong thời gian 6 tháng kể từ tháng phát sinh (đối với DN khai thuế theo tháng) hoặc quý (nếu khai theo quý).
Nếu hóa đơn đầu vào bị mất từ năm trước nhưng nay mới phát hiện, có đầy đủ hồ sơ thay thế, doanh nghiệp có thể:
- Khai bổ sung trong kỳ hiện tại nếu vẫn còn trong hạn khấu trừ.
- Nếu quá hạn → không được khấu trừ, chỉ có thể hạch toán nội bộ.
Bên bán không hợp tác cung cấp bản sao – doanh nghiệp cần làm gì?
Trong trường hợp bên bán đã giải thể, không còn tồn tại, hoặc cố tình không cung cấp lại hóa đơn, doanh nghiệp:
- Cần lập biên bản nội bộ ghi nhận sự việc, mô tả toàn bộ quy trình liên hệ, email, văn bản gửi đi.
- Đính kèm chứng từ khác liên quan: hợp đồng, phiếu thu, biên nhận, bảng kê hàng hóa.
- Ghi nhận chi phí nội bộ, nhưng chấp nhận rủi ro không được khấu trừ thuế hoặc không tính vào chi phí hợp lý.
Giải pháp về lâu dài là sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử, đồng bộ hóa đơn để hạn chế phụ thuộc vào đối tác.
5. Giải pháp phòng tránh mất hóa đơn đầu vào
Thay vì để xảy ra sự cố hóa đơn đầu vào bị mất rồi mới tìm cách xử lý, các doanh nghiệp hiện nay ngày càng ưu tiên chủ động phòng tránh mất hóa đơn đầu vào bằng cách ứng dụng công nghệ, hệ thống hóa quy trình kế toán – hóa đơn. Dưới đây là các giải pháp thực tiễn giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro đến mức tối thiểu:
Lưu trữ hóa đơn điện tử đúng chuẩn, tự động theo quy định pháp luật
- Sử dụng nền tảng hóa đơn điện tử có khả năng lưu trữ theo chuẩn ISO/IEC 27001, tuân thủ nghiêm Nghị định 123/2020/NĐ-CP, Thông tư 78/2021/TT-BTC.
- Tích hợp tính năng backup dữ liệu theo thời gian thực giúp doanh nghiệp không bị mất hóa đơn khi hệ thống gặp sự cố.
- Hệ thống nên có chức năng kiểm tra hóa đơn hợp lệ, phát hiện trùng lặp, tránh thất thoát hóa đơn trong quá trình nhập liệu.
Tích hợp phần mềm hóa đơn điện tử lưu tự động
Việc sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử hiện đại sẽ giúp:
- Tự động nhận diện, lưu trữ hóa đơn đầu vào từ email, máy scan hoặc phần mềm quản lý mua hàng.
- Đồng bộ với hệ thống quản lý kho, mua hàng, thanh toán để đảm bảo hóa đơn đi cùng quy trình chứng từ.
- Cảnh báo khi hóa đơn đến hạn kê khai nhưng chưa được ghi nhận, giúp kế toán không bỏ sót.
Gợi ý phần mềm hóa đơn đầu vào phù hợp cho doanh nghiệp Việt
Dưới đây là một số giải pháp phần mềm nổi bật:
| Phần mềm | Tính năng nổi bật |
| AccNet eInvoice | Hệ thống hóa đơn điện tử chuyên biệt, tích hợp với phần mềm kế toán, lưu trữ tập trung, bảo mật cao, tự động đồng bộ, backup dữ liệu |
| MISA AMIS | Quản lý hóa đơn đầu vào, khớp chi phí, tự động nhận hóa đơn đầu vào qua email |
| FAST Accounting | Tích hợp nhận hóa đơn đầu vào từ nhiều nguồn, báo cáo nhanh sai sót |
AccNet eInvoice đặc biệt phù hợp với các doanh nghiệp cần:
- Lưu trữ hóa đơn điện tử tập trung, phân quyền truy cập rõ ràng theo vai trò kế toán – kiểm soát – giám đốc.
- Đồng bộ hóa đơn đầu vào với hệ thống kế toán AccNet hoặc các hệ thống ERP có sẵn.
- Cảnh báo tự động khi hóa đơn đến hạn kê khai hoặc thiếu thông tin, giúp hạn chế rủi ro bỏ sót.
PHẦN MỀM HÓA ĐƠN ĐIỆN TỬ ACCNET EINVOICE TÍCH HỢP XUẤT HÓA ĐƠN TỪ MÁY POS - SÀN TMĐT AccNet eInvoice được thiết kế như một nền tảng quản lý hóa đơn điện tử toàn diện, tích hợp sâu vào hệ thống tài chính – kế toán – bán hàng của doanh nghiệp. Đây không chỉ là công cụ phát hành hóa đơn, mà còn là giải pháp giúp tối ưu toàn bộ quy trình vận hành liên quan đến hóa đơn điện tử. Với AccNet eInvoice, doanh nghiệp có thể: TÍCH HỢP XUẤT HÓA ĐƠN TỪ MÁY POS - SÀN TMĐT (RA MẮT 2025) Một trong những điểm khác biệt nổi bật của nền tảng này là khả năng tích hợp xuất hóa đơn ngay từ máy POS tại cửa hàng bán lẻ và từ các sàn TMĐT lớn như Shopee, Lazada, Tiki… Cụ thể, với AccNet eInvoice: ✅ Số hóa hóa đơn – Tối ưu quản trị doanh nghiệp ✅ Tích hợp toàn diện cùng AccNet ERP ✅ Chi phí hợp lý – Lợi ích vượt trội ĐĂNG KÝ NHẬN DEMO NGAY Vui lòng điền các thông tin vào form chúng tôi sẽ liên hệ lại với bạn trong 24h làm việc. KHÁCH HÀNG TIÊU BIỂU ĐÃ VÀ ĐANG TRIỂN KHAI ACCNET EINVOICE
✅ Demo miễn phí full tính năng ✅ Báo giá cá nhân hóa theo quy mô doanh nghiệp ✅ Tư vấn 1:1 cùng chuyên gia có nhiều kinh nghiệm
Hóa đơn đầu vào bị mất tưởng chừng chỉ là một sai sót nhỏ trong quy trình kế toán, nhưng nếu không xử lý đúng, kịp thời, doanh nghiệp sẽ phải gánh chịu những hậu quả nặng nề về tài chính, pháp lý. Để bảo vệ mình, doanh nghiệp cần:
- Chủ động xử lý theo đúng quy trình 5 bước đã nêu trong bài.
- Lưu trữ, quản lý hóa đơn bằng phần mềm chuyên dụng, đảm bảo an toàn dữ liệu, dễ dàng truy xuất.
- Nâng cấp nhận thức, kỹ năng nghiệp vụ của bộ phận kế toán, đặc biệt là kế toán thuế, kế toán mua hàng.
- Chọn đúng giải pháp phần mềm kế toán – hóa đơn phù hợp, có khả năng đồng bộ, tích hợp, phòng ngừa sai sót.
Việc đầu tư bài bản vào quản lý hóa đơn đầu vào không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng luật, mà còn nâng cao hiệu quả vận hành, tối ưu chi phí một cách bền vững. Trải nghiệm tư vấn và demo miễn phí ngay TẠI ĐÂY!
THÔNG TIN LIÊN HỆ:- GIẢI PHÁP KẾ TOÁN TOÀN DIỆN ACCNET
- 🏢 Trụ sở chính: 23 Nguyễn Thị huỳnh, Phường 8, Quận Phú Nhuận, TP.HCM
- ☎️ Hotline: 0901 555 063
- 📧 Email: accnet@lacviet.com.vn
- 🌐 Website: https://accnet.vn/
Chủ đề: