Hóa đơn điện tử đầu vào là “mắt xích” vô cùng quan trọng, gắn liền trực tiếp với chi phí hợp lệ, nghĩa vụ thuế, sự minh bạch tài chính của doanh nghiệp. Thế nhưng trên thực tế, nhiều doanh nghiệp vẫn đang đối mặt với những rủi ro tiềm ẩn khi xử lý hóa đơn điện tử đầu vào: hóa đơn không hợp lệ, không có mã xác thực, lưu sai định dạng, không được khấu trừ thuế GTGT…
Vì sao những sai sót này vẫn xảy ra ngay cả khi doanh nghiệp đã chuyển sang hóa đơn điện tử? Câu trả lời phần lớn nằm ở chỗ thiếu một quy trình quản lý hóa đơn điện tử đầu vào bài bản, phần mềm hỗ trợ hiệu quả. Bài viết dưới đây, sẽ giúp bạn:
- Hiểu rõ khái niệm, vai trò
- Nắm vững các bước trong quy trình chuẩn
- Tránh những lỗi sai phổ biến mà nhiều doanh nghiệp mắc phải
- Định hướng doanh nghiệp lựa chọn đúng giải pháp phần mềm.
1. Vì sao việc quản lý hóa đơn điện tử đầu vào cần được đầu tư bài bản?
Dưới đây là những rủi ro doanh nghiệp dễ gặp nếu quản lý hóa đơn đầu vào thiếu kiểm soát:
Rủi ro | Hệ quả |
Lưu sai định dạng (PDF, ảnh chụp, không XML) | Hóa đơn không hợp lệ khi quyết toán thuế |
Không kiểm tra chữ ký số, mã xác thực | Không được khấu trừ thuế GTGT |
Hạch toán sai kỳ | Lệch báo cáo tài chính, ảnh hưởng lợi nhuận |
Không đồng bộ với đơn hàng | Tăng khả năng gian lận nội bộ, mất tiền oan |
Theo thống kê từ Tổng cục Thuế năm 2023, có tới 7.500 hóa đơn điện tử đầu vào bị từ chối khấu trừ do thiếu mã xác thực hoặc không có chữ ký số.
2. Quản lý hóa đơn điện tử đầu vào là gì?
Khái niệm theo góc độ kế toán – pháp lý
Quản lý hóa đơn điện tử đầu vào là toàn bộ các hoạt động liên quan đến việc:
- Tiếp nhận hóa đơn điện tử từ nhà cung cấp;
- Kiểm tra tính hợp lệ về pháp lý (mã số thuế, chữ ký số, mã xác thực…);
- Đối chiếu với hợp đồng, đơn hàng, phiếu nhập, thanh toán…;
- Hạch toán vào hệ thống kế toán;
- Lưu trữ đúng định dạng – thời hạn – quy định hiện hành.
Đây là một nghiệp vụ quan trọng trong chu trình kế toán – tài chính, ảnh hưởng trực tiếp đến:
- Tính hợp lệ của chi phí;
- Khả năng khấu trừ thuế đầu vào;
- Tính minh bạch của hệ thống tài chính;
- Năng lực kiểm toán – thanh tra của doanh nghiệp.
Những ai trong doanh nghiệp chịu trách nhiệm quản lý hóa đơn đầu vào?
- Kế toán mua hàng: người tiếp nhận hóa đơn từ nhà cung cấp, đối chiếu đơn hàng – giá trị
- Kế toán tổng hợp: người kiểm tra, hạch toán, phân bổ vào tài khoản đúng kỳ
- Bộ phận lưu trữ – pháp chế – kiểm soát nội bộ: chịu trách nhiệm tra cứu, kiểm toán định kỳ
- Người ký duyệt: chịu trách nhiệm pháp lý khi kê khai, quyết toán thuế
Xem thêm:
- Phần mềm quản lý hóa đơn đầu vào tự động, chính xác
- Những điểm mới trong chính sách hóa đơn điện tử hiện hành
- Giá phần mềm hóa đơn điện tử cập nhật mới nhất 2025
3. Quy trình quản lý hóa đơn điện tử đầu vào chuẩn cho doanh nghiệp
Để quản lý hóa đơn điện tử đầu vào một cách hiệu quả, đúng quy định pháp luật, doanh nghiệp cần xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ bài bản, rõ vai trò – rõ thao tác – rõ công cụ. Dưới đây là 4 bước trọng yếu trong quy trình quản lý chuẩn.
Bước 1. Nhận hóa đơn từ nhà cung cấp
Thông thường, nhà cung cấp sẽ gửi hóa đơn điện tử đầu vào qua:
- Email kèm file XML/PDF
- Nền tảng hóa đơn điện tử trung gian (đã đăng ký với Tổng cục Thuế)
- Gửi link tra cứu trực tuyến
Việc doanh nghiệp cần làm ngay sau khi nhận:
- Xác minh mã tra cứu trên hệ thống Tổng cục Thuế (tra cứu qua https://hoadondientu.gdt.gov.vn)
- Kiểm tra chữ ký số của người bán: chữ ký phải hợp lệ, không hết hạn
- Kiểm tra thông tin trên hóa đơn: số hóa đơn, ngày phát hành, mã số thuế, số tiền, dòng thuế GTGT...
Bước 2. Đối chiếu thông tin đơn hàng – hóa đơn – chứng từ liên quan
Sau khi kiểm tra tính pháp lý, cần tiến hành đối chiếu nội dung hóa đơn với các chứng từ nội bộ:
- Đơn đặt hàng/đơn mua
- Phiếu nhập kho/biên bản bàn giao
- Phiếu chi hoặc lệnh thanh toán
Nguyên tắc “3 bên khớp lệnh”: Đơn hàng – Hóa đơn – Chứng từ chi phải khớp về nội dung, số lượng, đơn giá, thuế suất. Một sai lệch nhỏ có thể khiến hóa đơn bị xem là không hợp lệ trong kê khai thuế hoặc gây chậm trễ trong quyết toán chi phí.
Bước 3. Ghi nhận vào phần mềm kế toán
Sau khi xác nhận hợp lệ, hóa đơn cần được:
- Ghi nhận vào sổ kế toán đúng tài khoản (ví dụ: TK 331 – phải trả người bán, TK 156 – hàng hóa, TK 642 – chi phí quản lý…)
- Hạch toán đúng kỳ: cùng tháng/quý phát sinh để tránh lệch báo cáo tài chính
- Chuẩn bị sẵn sàng để đưa vào bảng kê khai thuế GTGT đầu vào (nếu có)
Hóa đơn điện tử đầu vào sai kỳ hạch toán, sai đối tượng hoặc chưa đủ điều kiện sẽ dẫn đến bị loại chi phí hoặc thuế khấu trừ.
Bước 4. Lưu trữ hóa đơn điện tử đầu vào đúng quy định
Theo Luật Kế toán 2015, hóa đơn điện tử cần được:
- Lưu dưới định dạng gốc XML
- Có đính kèm chữ ký số hợp lệ
- Lưu trữ ít nhất 10 năm
- Có khả năng tra cứu, đối chiếu, phục hồi khi cần thanh tra, kiểm toán
Nhiều doanh nghiệp hiện nay vẫn lưu file PDF hoặc ảnh chụp, không có chữ ký số → không đủ điều kiện pháp lý khi quyết toán thuế.
4. Những sai lầm thường gặp khi quản lý HĐĐT đầu vào
Việc sai sót trong quá trình tiếp nhận, xử lý hóa đơn điện tử đầu vào có thể gây hậu quả nghiêm trọng: từ việc không được khấu trừ thuế, đến bị phạt vì hạch toán sai. Dưới đây là những lỗi phổ biến nhất mà nhiều doanh nghiệp mắc phải khi quản lý hóa đơn điện tử đầu vào:
Lưu sai định dạng – thiếu chữ ký số
Lưu hóa đơn dưới dạng PDF hoặc hình ảnh, không có file XML, chữ ký số gốc. Khi kiểm toán hoặc thanh tra, hóa đơn không đủ giá trị pháp lý → bị loại khỏi chi phí hợp lý hoặc không được hoàn thuế.
Không kiểm tra mã xác thực, thông tin người bán
Không xác minh mã số thuế, địa chỉ, nội dung hóa đơn → dễ dính hóa đơn giả, hóa đơn khống. Kê khai sai, mất khả năng khấu trừ thuế, thậm chí bị truy thu thuế, phạt.
Hạch toán sai tài khoản, sai kỳ
Kế toán ghi nhận chi phí sai kỳ hoặc nhầm đối tượng hạch toán. Báo cáo tài chính sai lệch, khó quyết toán, ảnh hưởng đến lợi nhuận.
Đọc thêm:
5. Giải pháp phần mềm hỗ trợ quản lý hóa đơn điện tử đầu vào hiệu quả
Việc quản lý hóa đơn điện tử đầu vào sẽ khó đạt hiệu quả, tính pháp lý tối đa nếu doanh nghiệp chỉ xử lý thủ công. Trong thời đại số, sử dụng phần mềm chuyên dụng không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ quy định, mà còn tối ưu vận hành, kiểm soát rủi ro, tiết kiệm thời gian.
Tiêu chí lựa chọn phần mềm quản lý hóa đơn đầu vào
Một phần mềm phù hợp cần đáp ứng các tiêu chí sau:
- Được Tổng cục Thuế chứng nhận kết nối hợp lệ
- Tự động kiểm tra tính pháp lý của hóa đơn: mã số thuế, chữ ký số, mã xác thực
- Cho phép gắn hóa đơn với chứng từ nội bộ như phiếu nhập, phiếu chi, hợp đồng
- Tích hợp kế toán – báo cáo thuế – lưu trữ chứng từ
- Lưu trữ đúng định dạng XML, có chữ ký số gốc, phục vụ thanh tra – kiểm toán
- Có hệ thống phân quyền, ghi log truy cập, đảm bảo tính minh bạch, kiểm soát nội bộ

Lợi ích khi tự động hóa quy trình xử lý hóa đơn đầu vào
Việc số hóa, tự động hóa mang lại nhiều lợi ích thực tế:
Lợi ích | Hiệu quả đạt được |
Tiết kiệm thời gian kiểm tra | Giảm tới 70% thời gian so với xử lý thủ công |
Giảm rủi ro hóa đơn sai hoặc giả | Hệ thống cảnh báo tự động |
Tăng tốc độ hạch toán & báo cáo | Đồng bộ với phần mềm kế toán |
Phục vụ thanh tra dễ dàng | Có đầy đủ lịch sử xử lý, chữ ký số, mã xác thực |
Giảm áp lực cho bộ phận kế toán | Quy trình tự động – thao tác đơn giản |
Gợi ý phần mềm phù hợp: Tích hợp toàn diện, tối ưu cho doanh nghiệp Việt
Giải pháp lý tưởng cho doanh nghiệp hiện nay là sử dụng phần mềm:
- Có khả năng quản lý hóa đơn đầu vào, đầu ra đồng bộ
- Tích hợp kế toán – hóa đơn – quản trị nội bộ
- Giao diện thân thiện, dễ sử dụng, hỗ trợ đầy đủ quy trình kế toán Việt Nam
AccNet eInvoice là một trong những phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào tiêu biểu đáp ứng các tiêu chí trên:
- Tích hợp kiểm tra, đối chiếu, hạch toán, lưu trữ hóa đơn đầu vào
- Kết nối trực tiếp với hệ thống kế toán AccNet, ERP nội bộ
- Tự động phân loại hóa đơn, kiểm tra chữ ký số, mã xác thực từ Tổng cục Thuế
- Gắn chứng từ nội bộ, hỗ trợ truy xuất nhanh khi cần kiểm toán
Đây là giải pháp được nhiều doanh nghiệp vừa và lớn tại Việt Nam lựa chọn để xây dựng hệ thống kế toán – hóa đơn chuyên nghiệp, hợp lệ, hiệu quả.
ACCNET EINVOICE – XỬ LÝ HÓA ĐƠN NHANH, GỌN, KHÔNG LỖI Doanh nghiệp sử dụng AccNet eInvoice báo cáo: tiết kiệm từ 100–300 triệu đồng/năm so với quy trình hóa đơn truyền thống 👉 Mỗi sai sót trên hóa đơn có thể khiến bạn bị phạt đến hàng chục triệu >>> Chuyển sang AccNet eInvoice – xử lý đúng ngay từ đầu! ĐĂNG KÝ TƯ VẤN VÀ DEMO NGAY HÔM NAY
Quản lý hóa đơn điện tử đầu vào không còn là việc "lưu file XML cho đủ", mà là một nghiệp vụ kế toán quan trọng liên quan trực tiếp đến:
- Tính hợp lệ của chi phí
- Quyền khấu trừ thuế GTGT
- Tính minh bạch của hệ thống tài chính doanh nghiệp
Để thực hiện đúng, doanh nghiệp cần:
- Xây dựng quy trình kiểm soát chặt chẽ từ tiếp nhận, kiểm tra, đối chiếu đến lưu trữ
- Đào tạo kế toán, bộ phận liên quan nắm rõ nghiệp vụ & pháp lý
- Sử dụng phần mềm chuyên dụng giúp tự động hóa, hạn chế lỗi thủ công, đảm bảo tuân thủ
Lời khuyên từ chuyên gia: Đừng chờ đến khi bị thanh tra hay truy thu mới kiểm soát hóa đơn đầu vào. Doanh nghiệp nên chủ động số hóa quy trình quản lý ngay từ hôm nay, lựa chọn giải pháp phần mềm đáng tin cậy để bảo vệ tài chính, uy tín lâu dài.
Trải nghiệm demo ngay phần mềm quản lý hóa đơn điện tử đầu vào hiệu quả!
THÔNG TIN LIÊN HỆ:
- GIẢI PHÁP KẾ TOÁN TOÀN DIỆN ACCNET
Trụ sở chính: 23 Nguyễn Thị huỳnh, Phường 8, Quận Phú Nhuận, TP.HCM
Hotline: 0901 555 063
Email: accnet@lacviet.com.vn
Website: https://accnet.vn/
Chủ đề: