Trong vài năm trở lại đây, thương mại điện tử (TMĐT) tại Việt Nam đã tăng trưởng với tốc độ hai con số, đạt mốc hơn 20 tỷ USD trong năm 2024 theo báo cáo của Bộ Công Thương. Song song với đó, cơ quan thuế đang đẩy mạnh chuyển đổi số, siết chặt kiểm soát hóa đơn điện tử trong giao dịch TMĐT, đặc biệt thông qua các sàn như Shopee, Lazada, Tiki, TikTok Shop...

Một trong những yêu cầu bắt buộc hiện nay là doanh nghiệp cần phải xuất hóa đơn điện tử đúng quy định khi giao dịch qua sàn TMĐT. Việc hiểu rõ cách xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật, mà còn tránh các rủi ro về thuế, sai sót kế toán, ảnh hưởng đến uy tín, hoạt động kinh doanh.

Bài viết này sẽ hướng dẫn chi tiết cho các doanh nghiệp đang hoặc sắp kinh doanh trên sàn TMĐT cách xuất hóa đơn hợp lý, đúng luật, đồng thời giới thiệu giải pháp, công cụ hỗ trợ xuất hóa đơn điện tử hiệu quả, dễ tích hợp với các nền tảng TMĐT phổ biến hiện nay.

1. Xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử là gì?

Khái niệm & vai trò chính xác từ góc độ kế toán – thuế

“Xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử” là hoạt động phát hành hóa đơn điện tử cho các giao dịch bán hàng diễn ra trên các nền tảng TMĐT trung gian như Shopee, Lazada, Tiki, TikTok Shop,… Trong các giao dịch này, bên bán là doanh nghiệp – hộ kinh doanh, còn bên trung gian là sàn TMĐT, nơi tiếp nhận đơn hàng, hỗ trợ kết nối với người mua.

Điểm quan trọng là nghĩa vụ xuất hóa đơn thuộc về doanh nghiệp bán hàng, không phải sàn TMĐT, trừ khi sàn có chính sách hỗ trợ thay mặt xuất hóa đơn.

Vai trò, trách nhiệm trong xuất hóa đơn

Có 3 bên liên quan chính:

  • Doanh nghiệp bán hàng: Chủ thể có nghĩa vụ xuất hóa đơn đúng thời điểm ghi nhận doanh thu.
  • Sàn TMĐT: Là nền tảng trung gian, có thể hỗ trợ API lấy thông tin đơn hàng, một số sàn có hỗ trợ xuất hóa đơn thay doanh nghiệp.
  • Khách hàng: Có quyền yêu cầu hóa đơn VAT nếu giao dịch hợp lệ.

Một số sàn như Shopee, Tiki hiện đã hỗ trợ doanh nghiệp xuất hóa đơn trực tiếp thông qua hệ thống quản lý seller. Tuy nhiên, phần lớn doanh nghiệp vẫn cần sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử độc lập để xuất hóa đơn, lưu trữ, gửi khách hàng theo đúng quy định.

So sánh với mô hình bán hàng truyền thống

Tiêu chí Bán hàng truyền thống Bán hàng qua sàn TMĐT
Giao dịch Giao tiếp trực tiếp Qua nền tảng trung gian
Hóa đơn Xuất theo đơn hàng trực tiếp Phải đồng bộ đơn hàng từ sàn để xuất
Quy trình xuất hóa đơn Tùy chỉnh linh hoạt Phải tuân theo chuẩn kết nối của sàn

Doanh nghiệp cần xác định rõ mô hình hoạt động của mình để triển khai hệ thống hóa đơn điện tử phù hợp, tránh sai sót khi cơ quan thuế kiểm tra.

Doanh nghiệp nào bắt buộc phải xuất hóa đơn khi bán hàng trên sàn TMĐT?

Quy định pháp lý về nghĩa vụ xuất hóa đơn

Theo Thông tư 78/2021/TT-BTC, Nghị định 123/2020/NĐ-CP, mọi tổ chức, cá nhân kinh doanh hàng hóa, dịch vụ đều phải sử dụng hóa đơn điện tử khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, bao gồm cả hoạt động bán hàng thông qua sàn thương mại điện tử. Điều này có nghĩa:

  • Dù là doanh nghiệp, hộ kinh doanh hay cá nhân khi bán hàng trên sàn TMĐT cũng cần xuất hóa đơn nếu khách hàng yêu cầu hoặc nếu thuộc diện phải ghi nhận doanh thu.
  • Không phân biệt doanh số cao hay thấp, nếu có phát sinh giao dịch có tính chất thương mại thì nghĩa vụ xuất hóa đơn vẫn được áp dụng.

Các trường hợp phải xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử cụ thể

Đối tượng bán hàng Có bắt buộc xuất hóa đơn? Ghi chú
Doanh nghiệp (có mã số thuế) ✅ Bắt buộc Phải dùng hóa đơn điện tử có mã của CQT hoặc không mã
Hộ kinh doanh cá thể có MST ✅ Bắt buộc nếu doanh thu trên mức quy định Áp dụng theo quy định ngành nghề, doanh thu
Cá nhân bán hàng không đăng ký kinh doanh ❌ Không bắt buộc, nhưng sàn vẫn ghi nhận doanh thu, báo cáo với CQT Tuy nhiên, cơ quan thuế có thể rà soát, truy thu nếu vượt mức

Đặc biệt, từ năm 2024 – 2025, Tổng cục Thuế triển khai cơ chế kết nối dữ liệu trực tiếp với sàn TMĐT, nên việc doanh nghiệp không xuất hóa đơn hoặc xuất không đúng sẽ dễ dàng bị phát hiện, xử phạt hành chính hoặc truy thu thuế.

2. Các hình thức xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử phổ biến hiện nay

Khi hoạt động bán hàng trên các sàn thương mại điện tử, doanh nghiệp bắt buộc phải tuân thủ quy định về phát hành hóa đơn điện tử theo Thông tư 78/2021/TT-BTC, Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Tuy nhiên, tùy vào mô hình vận hành, doanh nghiệp có thể lựa chọn một trong ba hình thức xuất hóa đơn phổ biến dưới đây.

Sàn TMĐT hỗ trợ xuất hóa đơn thay cho nhà bán hàng

Đây là hình thức trong đó sàn thương mại điện tử đứng ra phát hành hóa đơn điện tử gửi cho khách hàng cuối cùng, thay mặt cho đơn vị bán hàng (thường là doanh nghiệp hoặc cá nhân kinh doanh). Một số sàn như Tiki, Lazada hoặc Shopee Mall áp dụng cơ chế này đối với các đối tác đã thiết lập tài khoản đúng quy định, đồng ý uỷ quyền.

Đặc điểm:

  • Hóa đơn được xuất dưới tên doanh nghiệp bán hàng, nhưng do hệ thống của sàn thực hiện.
  • Khách hàng nhận hóa đơn từ hệ thống của sàn, thường qua email hoặc tải trực tiếp trên ứng dụng/sàn.

Lợi ích:

  • Giảm tải công việc cho bộ phận kế toán doanh nghiệp, đặc biệt với các đơn hàng nhỏ lẻ số lượng lớn.
  • Hạn chế lỗi nhập liệu, vì thông tin đơn hàng được hệ thống hóa.

Rủi ro, hạn chế:

  • Doanh nghiệp mất kiểm soát thời điểm, nội dung cụ thể của hóa đơn nếu hệ thống sàn gặp lỗi.
  • Có thể phát sinh khó khăn khi quyết toán thuế hoặc đối chiếu số liệu với hệ thống kế toán nội bộ, do dữ liệu hóa đơn phân tán giữa nhiều nền tảng.
  • Không phải sàn nào cũng cung cấp dịch vụ này cho tất cả người bán; một số chỉ áp dụng với thương hiệu chính hãng hoặc gian hàng có đăng ký riêng.

Doanh nghiệp tự xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử

Hình thức này phổ biến nhất đối với các doanh nghiệp vừa và lớn hoặc có nhu cầu kiểm soát chặt chẽ về kế toán, thuế. Doanh nghiệp sẽ:

  • Chủ động lấy dữ liệu đơn hàng từ sàn TMĐT (thủ công hoặc kết nối qua API).
  • Đối chiếu thông tin đơn hàng, phát hành hóa đơn điện tử từ hệ thống nội bộ.
  • Tự gửi hóa đơn cho khách hàng (qua email, zalo hoặc tải về từ cổng khách hàng).

Đặc điểm:

  • Hóa đơn điện tử được khởi tạo theo mẫu đã đăng ký với Cơ quan thuế.
  • Đơn vị bán hàng giữ quyền chủ động hoàn toàn về nội dung, thời điểm, cách thức phát hành hóa đơn.

Lợi ích:

  • Kiểm soát tốt toàn bộ quy trình kế toán – hóa đơn – thuế.
  • Đồng bộ dữ liệu hóa đơn với hệ thống nội bộ như kế toán, kho, ERP.
  • Dễ kiểm tra – rà soát – điều chỉnh khi có phát sinh (sai mã hàng, sai thuế suất, sai tên khách…).

Rủi ro, hạn chế:

  • Tốn thời gian nếu thao tác thủ công với số lượng đơn hàng lớn.
  • Đòi hỏi bộ phận kế toán có kinh nghiệm, quy trình rõ ràng để tránh xuất sai hoặc trễ thời hạn.
  • Có thể gặp khó khăn nếu thiếu công cụ kết nối dữ liệu giữa sàn, hệ thống kế toán nội bộ.

Ví dụ thực tế: Một doanh nghiệp bán thời trang trên Shopee thực hiện đối chiếu đơn hàng mỗi ngày từ file excel của sàn, sau đó kế toán nhập lại thủ công vào phần mềm hóa đơn để phát hành. Mỗi ngày mất từ 2–3 giờ chỉ để xử lý 200 đơn. Đây là lý do nhiều doanh nghiệp chọn tự động hóa quy trình này về sau (phân tích ở phần sau bài viết).

Gợi ý công cụ: AccNet eInvoice hỗ trợ kết nối dữ liệu từ các sàn TMĐT phổ biến như Shopee, Lazada, Tiki,…, cho phép xuất hóa đơn nhanh, chính xác chỉ bằng vài thao tác, đồng thời tích hợp sẵn hệ thống báo cáo, đối soát doanh thu theo từng kênh bán hàng.

ACCNET EINVOICE – XỬ LÝ HÓA ĐƠN NHANH, GỌN, KHÔNG LỖI

  • Rút ngắn 70% thời gian xuất – gửi – lưu trữ hóa đơn
  • Giảm thiểu 99% sai sót số liệu nhờ tích hợp trực tiếp với phần mềm kế toán
  • Tự động cấp số, ký số, gửi mail – không cần làm thủ công
  • Truy xuất hóa đơn trong 3 giây, kể cả khi cần tra cứu lại năm trước
  • Đáp ứng 100% chuẩn định dạng, kết nối trực tiếp với Cơ quan Thuế

Doanh nghiệp sử dụng AccNet eInvoice báo cáo: tiết kiệm từ 100–300 triệu đồng/năm so với quy trình hóa đơn truyền thống

👉 Mỗi sai sót trên hóa đơn có thể khiến bạn bị phạt đến hàng chục triệu >>> Chuyển sang AccNet eInvoice – xử lý đúng ngay từ đầu!

AccNet eInvoice

ĐĂNG KÝ TƯ VẤN VÀ DEMO NGAY HÔM NAY

Đăng ký Demo

Bằng cách nhấn vào nút Đăng ký, bạn đã đồng ý với Chính sách bảo mật thông tin của AccNet.

Gộp hóa đơn theo kỳ (ngày/tuần/tháng)

Trong một số trường hợp, doanh nghiệp không xuất hóa đơn ngay theo từng đơn hàng, mà chọn phương án gộp nhiều giao dịch trong một kỳ thời gian để xuất một hóa đơn tổng hợp. Hình thức này cần đảm bảo:

  • Khách hàng đồng ý nhận hóa đơn theo kỳ (nên có xác nhận bằng văn bản/email).
  • Các đơn hàng phải thuộc cùng một khách hàng, trong cùng kỳ tính thuế.

Đặc điểm:

  • Áp dụng phổ biến trong mô hình bán sỉ B2B, hoặc khách hàng mua định kỳ.
  • Doanh nghiệp ghi nhận tạm thời các đơn hàng trong kỳ, sau đó phát hành hóa đơn tổng hợp.

Lợi ích:

  • Giảm số lượng hóa đơn cần phát hành, giúp nhẹ gánh vận hành.
  • Thuận tiện trong việc kiểm soát công nợ theo nhóm khách hàng.

Rủi ro, hạn chế:

  • Nếu không có xác nhận rõ ràng từ khách hàng, có thể xảy ra tranh chấp về thời điểm giao hàng, nghĩa vụ thuế.
  • Rủi ro về thời hạn xuất hóa đơn theo quy định (nếu không xuất đúng kỳ, sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính).

Theo quy định hiện hành, hóa đơn điện tử phải được lập ngay khi hoàn thành việc cung cấp dịch vụ hoặc giao hàng, trừ khi có thỏa thuận riêng với người mua.

Không xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử mà lập bảng kê

Theo quy định tại Khoản 4 Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, nếu:

  • Giao dịch có giá trị dưới 200.000 đồng
  • Người mua không yêu cầu lập hóa đơn

Thì doanh nghiệp được phép không lập hóa đơn cho từng giao dịch nhỏ, mà cuối ngày lập bảng kê tổng hợp các đơn hàng nhỏ lẻ đó, rồi phát hành một hóa đơn chung.

Đặc điểm:

  • Áp dụng với các đơn hàng nhỏ, đơn giản, khách hàng không yêu cầu hóa đơn.
  • Doanh nghiệp vẫn phải ghi nhận doanh thu để khai thuế đúng hạn.

Lợi ích:

  • Giảm tải hành chính khi có quá nhiều đơn hàng nhỏ.
  • Hợp lý về chi phí vận hành hóa đơn với đơn hàng dưới 200.000đ.

Rủi ro, hạn chế:

  • Bị kiểm tra đột xuất từ cơ quan thuế nếu lạm dụng bảng kê để trốn nghĩa vụ thuế.
  • Không phù hợp nếu khách hàng là doanh nghiệp cần hóa đơn để khấu trừ.

3. Quy trình triển khai xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử hiệu quả

Đối với các doanh nghiệp bán hàng qua sàn TMĐT, việc triển khai hóa đơn điện tử không chỉ là yêu cầu bắt buộc theo quy định của pháp luật, mà còn là yếu tố then chốt để đảm bảo tính minh bạch trong quản lý doanh thu, tuân thủ thuế. Dưới đây là quy trình 7 bước triển khai xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử chi tiết, từ bước chuẩn bị đến khi hóa đơn được phát hành, lưu trữ đúng chuẩn:

Bước 1: Xác định mô hình hoạt động, trách nhiệm phát hành hóa đơn

Trước khi bắt đầu, doanh nghiệp cần trả lời các câu hỏi sau:

  • Mô hình bán hàng của doanh nghiệp trên sàn là B2C (bán cho cá nhân) hay B2B (bán cho doanh nghiệp)?
  • Doanh nghiệp tự xuất hóa đơn hay ủy quyền cho sàn phát hành hóa đơn thay?
  • Có yêu cầu xuất hóa đơn cho từng đơn hàng hay gộp hóa đơn định kỳ?

Việc xác định rõ mô hình này giúp doanh nghiệp lựa chọn đúng cách thức xử lý hóa đơn phù hợp với loại hình kinh doanh, đảm bảo đúng quy định.

Bước 2: Hoàn tất thủ tục đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Đây là bước bắt buộc đối với tất cả doanh nghiệp muốn phát hành/xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử:

  • Nộp Thông báo đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử (Mẫu 01/ĐKT-HĐĐT) qua cổng thuế điện tử.
  • Chờ xác nhận của cơ quan thuế về việc chấp nhận đăng ký (thường trong vòng 1–2 ngày làm việc).
  • Thiết lập mẫu hóa đơn điện tử phù hợp với nhu cầu (hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn bán hàng; hóa đơn có mã hoặc không mã).

Lưu ý: Hóa đơn điện tử bắt buộc từ năm 2022 với gần như tất cả doanh nghiệp, việc đăng ký sử dụng phải đi kèm với phần mềm hoặc giải pháp hỗ trợ phát hành hợp lệ.

Bước 3: Đồng bộ, kiểm soát dữ liệu đơn hàng từ sàn

Dữ liệu đầu vào để lập hóa đơn là thông tin đơn hàng phát sinh trên sàn TMĐT, vì vậy doanh nghiệp cần có quy trình chặt chẽ:

  • Thiết lập thời điểm trích xuất dữ liệu (theo ngày, tuần hoặc thời gian thực).
  • Kiểm tra các trường dữ liệu cần có: mã đơn hàng, ngày đặt hàng, tên khách, sản phẩm, đơn giá, thuế suất, phương thức thanh toán, phí vận chuyển, mã giảm giá (nếu có).
  • Đảm bảo tính chính xác, không bỏ sót đơn hàng cần xuất hóa đơn.

Nếu sử dụng file Excel, cần đối chiếu kỹ để tránh lỗi thủ công. Nếu có kết nối API, cần kiểm soát logic luồng dữ liệu đầu vào – đầu ra chặt chẽ.

Bước 4: Lập hóa đơn điện tử theo chuẩn định dạng

Sau khi có dữ liệu đầy đủ, tiến hành lập hóa đơn điện tử theo các nguyên tắc:

  • Mỗi hóa đơn phải phản ánh chính xác giao dịch thực tế.
  • Ghi rõ thời điểm lập hóa đơn – không được lùi ngày, không được lập sau thời hạn quy định.
  • Phải thể hiện đúng mã số thuế, tên người mua (nếu có yêu cầu xuất tên công ty), nội dung hàng hóa, mức thuế suất GTGT, tổng thanh toán.

Nếu có nhiều đơn hàng cùng khách trong 1 ngày, được đồng ý, có thể gộp vào 1 hóa đơn. Nếu đơn hàng dưới 200.000đ, khách không yêu cầu, có thể lập bảng kê, xuất hóa đơn tổng hợp vào cuối ngày.

Bước 5: Ký số, gửi hóa đơn cho khách hàng

Sau khi hóa đơn được lập hợp lệ:

  • Gắn chữ ký số của doanh nghiệp theo đúng quy định.
  • Gửi hóa đơn cho khách qua email, Zalo, hoặc qua đường link truy cập (tùy cách tiếp cận đã thống nhất).
  • Đảm bảo khách hàng có thể truy cập, kiểm tra, tải hoặc in hóa đơn dễ dàng.

Lưu ý quan trọng:

  • Đối với hàng hóa đã giao, hóa đơn phải được lập ngay sau khi hoàn tất giao dịch.
  • Không nên để tồn đọng hóa đơn chưa phát hành, vì có thể dẫn đến xử phạt hành chính nếu bị kiểm tra thuế đột xuất.

Bước 6: Gửi hóa đơn đến cơ quan thuế, lưu trữ theo quy định

Tùy vào loại hóa đơn sử dụng:

  • Với hóa đơn có mã, hệ thống sẽ tự động gửi đến cơ quan thuế để lấy mã trước khi phát hành.
  • Với hóa đơn không mã, cần định kỳ gửi báo cáo tổng hợp dữ liệu theo đúng định kỳ quy định.

Sau khi phát hành/xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử, doanh nghiệp cần:

  • Lưu trữ hóa đơn điện tử ít nhất 10 năm, có khả năng truy xuất đầy đủ khi cần.
  • Đối soát số liệu giữa đơn hàng trên sàn – hóa đơn đã phát hành – doanh thu ghi nhận trong sổ sách – báo cáo thuế.

Bước 7: Định kỳ rà soát, kiểm tra nội bộ

Để đảm bảo quá trình phát hành hóa đơn luôn chính xác, phù hợp với quy định:

  • Rà soát định kỳ các giao dịch đã phát sinh nhưng chưa phát hành hóa đơn.
  • Đối chiếu dữ liệu giữa các hệ thống: sàn – kế toán – kho – hóa đơn điện tử.
  • Cập nhật quy định pháp luật mới về hóa đơn, thương mại điện tử.

Đây cũng là cách giúp phát hiện sớm các sai sót như xuất hóa đơn trễ, sai thông tin người mua, sai thuế suất… từ đó kịp thời xử lý trước khi bị cơ quan thuế thanh kiểm tra.

4. Những sai lầm thường gặp khi xuất hóa đơn TMĐT & cách phòng tránh

Sai lầm thường gặp Nguy cơ tiềm ẩn Giải pháp
Xuất sai thời điểm (chậm sau ngày giao hàng) Bị phạt hành chính, truy thu thuế Thiết lập tự động thời điểm phát hành hóa đơn
Không đồng bộ thông tin đơn hàng – hóa đơn Mất kiểm soát doanh thu, sai báo cáo tài chính Dùng phần mềm có kết nối API với sàn
Không lưu trữ đủ 10 năm Vi phạm quy định pháp luật Sử dụng hệ thống hóa đơn có lưu trữ lâu dài trên cloud
Gộp nhiều đơn vào 1 hóa đơn không đúng cách Bị loại trừ chi phí khi quyết toán thuế Phát hành hóa đơn theo từng đơn hợp lệ
Chưa phân biệt hóa đơn có mã & không mã Khó kiểm tra, khó làm báo cáo Chọn phần mềm hỗ trợ cả 2 loại hóa đơn

Lưu ý: Một sai sót nhỏ về hóa đơn có thể ảnh hưởng đến tính hợp lệ của chi phí, khấu trừ thuế GTGT, xếp hạng tuân thủ thuế của doanh nghiệp. 

5. Thống kê xu hướng mới nhất về hóa đơn TMĐT trên sàn

  • 95% sàn TMĐT tại Việt Nam đã kết nối dữ liệu với Tổng cục Thuế từ cuối năm 2024 (theo Tổng cục Thuế).
  • 100% doanh nghiệp hoạt động trên sàn TMĐT phải triển khai hóa đơn điện tử từ năm 2025, không phân biệt quy mô.
  • Giao dịch không có hóa đơn hợp lệ sẽ bị loại khỏi báo cáo thuế, ảnh hưởng đến khấu trừ VAT, quyết toán cuối năm.

➡ Xu hướng 2025 – 2026: Bộ Tài chính sẽ tiếp tục mở rộng tích hợp dữ liệu hóa đơn TMĐT với hệ thống quản lý thuế, đồng thời tăng cường xử lý doanh nghiệp không tuân thủ.

Xuất hóa đơn trên sàn thương mại điện tử không còn là một lựa chọn, mà là nghĩa vụ bắt buộc theo quy định pháp luật. Nhưng vượt trên cả việc “làm cho đúng”, doanh nghiệp cần xuất hóa đơn một cách chủ động, chính xác, kịp thời để bảo vệ mình trước rủi ro pháp lý, thất thoát doanh thu, sai sót kế toán. Chỉ những doanh nghiệp có khả năng đồng bộ dữ liệu, tự động hóa quy trình, minh bạch báo cáo mới có thể kiểm soát tốt hoạt động thương mại điện tử – nơi giao dịch diễn ra nhanh, nhiều, liên tục.

Đừng để doanh nghiệp của bạn đối mặt với rủi ro thuế vì hóa đơn thiếu minh bạch. Hãy chủ động chuyển đổi – bắt đầu từ việc kiểm soát hóa đơn ngay trên sàn TMĐT. AccNet eInvoice – Hóa đơn đúng chuẩn, minh bạch từng giao dịch – đồng hành cùng doanh nghiệp phát triển bền vững trong môi trường số.

THÔNG TIN LIÊN HỆ:
  • GIẢI PHÁP KẾ TOÁN TOÀN DIỆN ACCNET
  • 🏢 Trụ sở chính: 23 Nguyễn Thị huỳnh, Phường 8, Quận Phú Nhuận, TP.HCM
  • ☎️ Hotline: 0901 555 063
  • 📧 Email: accnet@lacviet.com.vn
  • 🌐 Website: https://accnet.vn/